文山东大医院开设：内科、外科、妇科、男科、计划生育科、泌尿外科、皮肤科、医学检验科、医学影像科等临床医技科室。下设四个诊疗中心：既妇科诊疗中心：主治妇科炎症、妇科肿瘤、宫颈疾病、意外怀孕、内分泌失调、女性生殖健康与不孕症;男性生殖泌尿诊疗中心：主治前列腺疾病、性功能障碍、不育症、男性泌尿生殖感染疾病；微创治疗中心：利用微创技术开展妇科肿瘤、囊肿、腋臭、痔疮和生殖整形修复等治疗项目。